Парируйте!
Да легко.
1. "Дело работы с персоналом" - слишком общее понятие. Например, полиграф не способен рассчитывать фонд заработной платы. А вот в такой области как снижение кадровых рисков (на этапе отбора кандидатов и среди персонал компании) может помочь несказанно. Кроме этого и для выявления лиц уже совершивших нелояльные поступки - просто безотказно.
2. Как теоретик в области кадровой безопасности поясню, что соблюдение дисциплины - и есть одно из проявлений лояльности (как впрочем и материальная заинтересованность). Вы скорее намекаете на корпоративный дух. При названных Вами обстоятельствах он действительно может ухудшиться, но в условиях когда налицо всеобщая подозрительность, недоверчивость, конфликты - полиграф способен расставить все точки над i и улучшить даже ее (корпоративную культуру). Насчет протестных настроений, я бы как директор компании сразу отбирал бы людей у которых полиграфная проверка их (настрений) не вызовет, чем работать с такими бузатерами.
3. Также как неспециалист в работе с кадрами, я бы не допускал своей зависимости от отдельных сотрудников и попытался бы как можно скорее устранить это шаткое и угрожающее мне положение (в экстренном порядке готовил бы замены). Так как осознание собственной незаменимости расхолаживает человека. Примерно такая же ситуация недавно произошла в нашей консалтинговой компании (рекламу давать не рискну).